Nach dem Aushub des kontaminierten Bodens, wobei bereits leichtflüchtige Schadstoffe ausgasen können, wird der Boden mechanisch vorbehandelt (Aussieben, Brechen gröberer Bodenbestandteile). Die Behandlung erfolgt in speziellen Einrichtungen, wo die Einstellung günstigerer Umgebungsbedingungen für die Mikroorganismen möglich ist, wie Belüftung, Nährstoffzufuhr, Optimierung von pH-Wert, Umgebungstemperatur, Feuchtegehalt, Redoxpotenzial. Durch Zugabe von Tensiden oder Emulgatoren kann die Wasserlöslichkeit und damit Bioverfügbarkeit von Schadstoffen erhöht werden, dies kann sich insbesondere bei starker Sorption der Schadstoffe an der Bodenmatrix positiv auf die Abbaurate auswirken. Beim Landfarming wird der Boden auf einer nach unten abgedichteten Behandlungsfläche in dünnen Lagen (40 cm) ausgebreitet und mehrfach mit landwirtschaftlichen Maschinen bearbeitet um den Sauerstoffzutritt zu erhöhen. Zusätzlich werden Nährstoffe untergemischt, zum Teil auch Strukturstoffe wie Kompost, Rindenmulch, Granulat, um die Luftdurchlässigkeit des Bodens zu erhöhen. Aufgrund der geringen Schichtdicke des ausgebreiteten Bodens ist dieses Verfahren mit einem hohen Flächenverbrauch verbunden. Beim Mietenverfahren wird der Boden in Schichtdicken von 1,5 bis 2 m gelagert. Dabei erfolgt Sauerstoffeintrag (in statischen Mieten durch Belüftungsdränagen, durch Aufnehmen und Homogenisieren im dynamischen Mietenverfahren), Nähstoffzufuhr und Feuchteregulation. Falls die im Boden vorhandenen Mikroorganismen die Schadstoffe nicht oder nicht in ausreichendem Maße abbauen, besteht die Möglichkeit, das Substrat mit mikrobiologischen Spezialkulturen zu beimpfen (Bioaugmentation). Das Reaktorverfahren ermöglicht im Vergleich zu den anderen Verfahren eine bessere Prozesssteuerung, da es sich um geschlossene, vollständig kontrollierbare Systeme handelt. Diese Verfahren sind deshalb insbesondere für feinkörnige Böden und hohe Schadstoffkonzentrationen geeignet, bei denen der Bioabbau nur unter besonders günstigen Umgebungsbedingungen für die Mikroorganismen abläuft.