Unter Co-metabolic Treatment versteht man die Injektion von Primärsubstrat (z. B. Ethanol,Melasse, Speiseöl, Toluol, Methan), um den cometabolischen Abbau zu stimulieren. Die injizierten Primärsubstrate sind gut abbaubare organische Kohlenstoffverbindungen, mit denen das Wachstum von Mikroorganismen angeregt wird. Während dieses Wachstums produzieren die Mikroorganismen auch unspezifisch wirkende Enzyme, die auch die eigentlichen Schadstoffe am Standort katalytisch zu unbedenklicheren oder besser abbaubaren Metaboliten zersetzen. Einzelne organische Primärsubstrate (z.B. Toluol) können selbst einen Wasserschadstoff darstellen, daher in der Regel erschwerte Genehmigungslage.