Die Neutralisation dient als Einstellung des neutralen pH-Wertes, durch Zudosierung von Säure oder Base, des Grundwassers und wird meist am Ende eines Reinigungsprozesses durchgeführt. Die Auswahl des Neutralisationsmittels hängt dabei vom pH-Wert des Wassers und der Wassermenge ab. Üblicherweise wird bei Säuren ein Kalkmilchgemisch und bei Basen Kohlendioxid als Neutralisationsmittel verwendet. Zur Vermeidung überflüssiger Salzfracht ist eine entsprechende Kontrolle z.B. über eine Leitfähigkeitsmessung des Ablaufs vorzusehen.